Используйте хеши. Вот код для одновременного нахождения симметрической разности и пересечения (Заметьте, что это симметрическая разность, то есть, множество элементов, которые принадлежат A и B, но не A и B одновременно. Это как исключающее «или».). Предполагается, что каждый элемент встречается в исходных массивах единожды:
Читать дальше...