Используйте хеши. Вот код для одновременного нахождения симметрической разности и пересечения (Заметьте, что это симметрическая разность, то есть, множество элементов, которые принадлежат A и B, но не A и B одновременно. Это как исключающее «или».). Предполагается, что каждый элемент встречается в исходных массивах единожды:
Читать дальше...

Если вы знаете, где находятся колонки с данными, то используйте substr: my $column = substr( $line, $start_column, $length ); Вы можете использовать split, если колонки разграничены пробелами или другими разделителями, если таковые не могут быть частью данных.
Читать дальше...