Первым делом смотрим лог индексирования, если лог заканчивается фразой unsorted clattr portion, то эта заметка Вам поможет.

По-умолчанию индексатор Яндекс.Сервера пишет индексы во временную директорию, называется она newindex, а после окончания индексации переносит индекс из временной директории в директорию индекса конкретного сайта. Если прошлая индексация к примеру завершилась аварийно - файлы индекса во временной директории остались, именно это и имеет в виду ошибка unsorted clattr portion - удаляем все файлы из директории newindex и запускаем индексацию заново.