Идея состоит в том, что мы просто создаём дамп исходной базы, при этом указывая mysqldump, что никаких деклараций CHARSET и иже с ними указывать не надо, затем скармливаем полученный дамп iconv, который преобразует весь latin1 в utf8, а затем преобразованный файл отдаём mysql (при этом указываем, что charset по умолчанию у нас utf8)